Après une formation à la Faculté des lettres d’Aix-en-Provence, aux Ateliers d’Antoine Vitez au Théâtre des Quartiers d’Ivry, il obtient le diplôme de l’École Internationale Jacques Lecoq.

Il intègre la compagnie Philippe Genty avec laquelle il crée plusieurs spectacles au Théâtre de la Ville qu’il tourne en France et à l’étranger pendant huit ans. Également comédien au Théâtre de la Jacquerie, au Théâtre de la Sébille, au Théâtre Écarlate, il travaille avec Maurice Bénichou, Feldenkreis et le chorégraphe Yano Hideyuki.

Au Théâtre du Rond Point, chez Jean-Louis Barrault, il est comédien marionnettiste, jusqu’en 1986, date à laquelle il crée la compagnie Nada Théâtre avec Babette Masson. De nombreuses créations jalonnent la vie de la compagnie : Grandir et Effraction, coréalisées avec le Théâtre Écarlate (1986-89), Ubu (1990), Hänsel et Gretel (1992), Capitaine Bada (1992), Marie Stuart (1996).

Implanté au Centre Culturel Boris Vian (Les Ulis), le Nada Théâtre en prend la direction de 1997 à 2005, menant de pair programmation et animation du lieu avec les productions de la compagnie.

En 2006, Jean-Louis Heckel s’installe à Pantin dans un lieu de fabrique qu’il baptise La Nef – Manufacture d’utopies, dédié à la marionnette, au théâtre d’objet et à l’écriture contemporaine. Il fonde la compagnie La Nef, avec laquelle il crée plusieurs spectacles parmi lesquels Profession : Quichotte (2007) et La Grande Clameur (2009).

Jean-Louis Heckel a été responsable pédagogique de l’École Nationale des Arts de la Marionnette de 2004 à juin 2014.